Имеются заключения судмедэкспертов, которые при помощи одного предложения сводят на нет все доказательства применения пыток: в заключении указывается, что время получения травм не совпадает с указанным заявителем временем их получения. При этом не приводится какого-либо обоснования или мотива, объясняющих, в чем выражено это несоответствие. Например, в заключении по делу И. Усманова указано, что кровоподтек «не соответствуют сроку, указанному в обстоятельствах дела», без какого-либо разъяснения таких несоответствий, хотя экспертиза проводилась буквально на следующий день после применения насилия.
В соответствии с законодательством Кыргызстана, судмедэксперты должны опираться в своих исследованиях на Практическое руководство «Эффективное документирование насилия, пыток и других жестоких, бесчеловечных или унижающих достоинство видов обращения и наказания в Кыргызской Республике». Но на практике предписанные этим Руководством формы и бланки документирования, методы проведения экспертного исследования применяются небрежно; в результате сами исследования не отвечают всем требованиям Руководства.
В деле Шарабидина Шаматова адвокат в своих обращениях указывает на мизинцы ног жертвы, к которым прикреплялись провода для пыток. Заявитель в своих показаниях на допросе следователя также указывал на мизинцы. Тем не менее, в ходе экспертизы были обследованы большие пальцы ног, и в заключении судмедэкспертизы сделан вывод об отсутствии каких-либо следов травм на теле Шаматова с указанием на большие пальцы ног. Продолжительность исследования рассматривается как косвенная, но значимая характеристика его тщательности и полноты. Стамбульский протокол говорит о том, что «опрос в течение двух-четырех часов может оказаться недостаточным для оценки физических или психологических доказательств пытки». В деле Шаматова обследование длилось 20 минут.
Вместе с тем, заявитель или его защитник в письменном виде представляют вопросы, по которым, по их мнению, должно быть дано заключение эксперта, указывают, что должно быть исследовано, а также называют экспертов, которое могут провести эти исследования. При этом следователь не вправе отказать в назначении экспертизы (ч. 7 ст. 172 УПК), за исключением случаев, когда вопросы явно не относятся к уголовному делу или предмету экспертизы. В случае отказа следователя в назначении экспертизы участник процесса вправе обратиться к следственному судье.
На практике люди, пережившие пытки, несвоевременно информируются о принятых процессуальных решениях — в частности, о прекращении уголовного дела. В информирующих об этом письмах не приводятся никакие данные, кроме сообщения о том, что дело прекращено. В большинстве случаев доказательства, предъявленные в защиту жертв пыток, остаются без правовой оценки. Жалобы, направляемые в суды в связи с этими документами, игнорируются.
Устоявшаяся судебная практика пока не приводит к надлежащему справедливому наказанию за пытки и жестокое обращение. Подсудимые получают либо условные наказания, либо оправдательные приговоры. В редких случаях наказание, которое назначает суд, связано с реальным лишением свободы.
В октябре 2018 года Ошский городской суд приговорил шестерых сотрудников милиции к 12-14 годам лишения свободы за пытки в отношении несовершеннолетних в г. Кызыл-Кыя Баткенской области. Но суд второй инстанции их оправдал. Оправдательный приговор был обжалован в Верховном суде. Верховный суд приговор отменил и отправил дело на новое рассмотрение в суд второй инстанции. В августе 2020 года суд приговорил каждого к 8 годам лишения свободы, но применил условный срок, фактически освободив их от реального наказания. Адвокатом потерпевших Таиром Асановым подана жалоба в Верховный суд. Окончательное решение по делу пока не вынесено.